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課程編號: NE-2018-TB01
課程名稱: BROAD Institute @ Taiwan 2018 GATK國際教育訓練
課程領域: 生物
相關領域:
上課方式: 遠距教學 (主播端)
上課地點: 台北恆逸教育訓練中心(10491台北市松山區復興北路99號)    
上課時間: 2018/12/3 (一)  ~  2018/12/6 (四)     09:00 ~ 16:00
上課總天數: 4 天,共計 24 個小時
招生日期截止(含): 2018/11/30 (五)  17:00
最後繳費截止(含): 2018/11/30 (五)  23:00
最後回報繳費截止(含): 2018/12/02 (日)  17:00
提供午餐:
招生人數: 30 ~ 39  人
 
講師:
Broad Institute Broad Institute講師群  先生
 
報名費用:
學生1200 元
研究人員2400 元
業界3600 元
課程介紹:

Day 1: Introduction to Genomic Analysis

Time

Content

Trainer

signing

09:00 – 09:15

Opening remarks

 

 

09:15 – 09:45

Introduction to Sequence data / pre-processing workflow

Christopher W. Whelan

 

09:45 – 10:15

Introduction to Germline variant discovery Best Practices workflows

Megan Shand

 

10:15 – 10:45

Coffee/tea break

 

 

10:45 – 11:15

Introduction to Somatic variant discovery Best Practices workflows

Soo Hee Lee

 

11:15 – 11:45

Introduction to pipelining with WDL + Cromwell + FireCloud

Kaan Yuksel

 

11:45 – 12:00

Closing question time

 

 

12:00 – 13:00

Lunch Time

 

 

13:00 – 13:25

Mapping

Kaan Yuksel

 

13:25 – 13:50

Marking Duplicates

Christopher W. Whelan

 

13:50 – 14:15

Base recalibration (BQSR)

Megan Shand

 

14:15 – 14:45

Coffee/tea break

 

 

14:45 – 16:00

Hands-on IGV + GATK4 basics

Soo Hee Lee lead   + others assist

 

 

Day 2: Germline short variant discovery

Time

Content

Trainer

signing

09:00 – 09:15

Recap of germline variant discovery Best Practices

Kaan Yuksel

 

09:15 – 09:45

HaplotypeCaller

Christopher W. Whelan

 

09:45 – 10:15

Joint-calling with GenomicsDB

+ GenotypeGVCFs

Megan Shand

 

10:15 – 10:45

Coffee/tea break

 

 

10:45 – 12:00

Hands-on joint-calling

Soo Hee Lee leads   + others assist

 

12:00 – 13:00

Lunch Time

 

 

13:00 – 13:30

Filtering with VQSR

Megan Shand

 

13:30 – 14:00

Genotype Refinement

Christopher W. Whelan

 

14:00 – 14:15

Callset Evaluation

Kaan Yuksel

 

14:15 – 14:45

Coffee/tea break

 

 

14:45 – 16:00

Hands-on filtering approaches

Soo Hee Lee leads

+ others assist

 

Day 3: Somatic variant discovery

Time

Content

Trainer

signing

09:00 – 09:15

Recap of somatic variant discovery Best Practices

Megan Shand

 

09:15 – 10:00

Somatic SNVs and indels with Mutect2

Kaan Yuksel

 

10:00 – 10:30

Coffee/tea break

 

 

10:30 – 12:00

Hands-on Mutect2

Soo Hee Lee leads + others assist

 

12:00 – 13:00

Lunch Time

 

 

13:00 – 13:30

Somatic CNVs with GATK CNV

Christopher W. Whelan

 

13:30 – 14:45

Hands-on GATK CNV

Soo Hee Lee leads   + others assist

 

14:45 – 15:15

Coffee/tea break

 

 

15:15 – 15:45

Preview of upcoming methods:

germline CNV and SV

Megan Shand

 

15:45 – 16:00

Open question time

 

 

Day 4: Pipelining

Time

Content

Trainer

signing

09:00 – 09:15

WDL/Cromwell 101

Megan Shand

 

09:15 – 10:15

Hands-on WDL/Cromwell

Kaan Yuksel leads

+ others assist

 

10:15 – 10:45

Coffee/tea break

 

 

10:45 – 12:00

Self-paced WDL exercises

Kaan announce,

all trainers assist

 

12:00 – 13:00

Lunch Time

 

 

13:00 – 13:15

FireCloud 101

Christopher W. Whelan

 

13:15 – 14:15

Hands-on FireCloud Part 1

Soo Hee Lee leads

+ others assist

 

14:15 – 14:45

Coffee/tea break

 

 

14:45 – 16:00

Hands-on FireCloud Part 2

Kaan Yuksel leads

+ others assist

 

參加對象:
 具使用基礎或從事相關行業人員
課程內容安排:
主辦單位:

財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心

 

協辦單位:

科技部生命科學發展研究司生技醫藥核心設施平台

國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台

亞太生醫矽谷精準醫療旗艦計畫

台灣人體生物資料庫
 

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