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課程編號: NE-2017-NB01
課程名稱: Amber MD 軟體訓練課程
課程領域: 生物
相關領域:
上課方式: 實體教室
上課地點: 台南    電腦教室(一)    交通導引
上課時間: 2017/11/28 (二)  ~  2017/11/29 (三)     09:30 ~ 16:30
上課總天數: 2 天,共計 12 個小時
招生日期截止(含): 2017/11/23 (四)  17:00
最後繳費截止(含): 2017/11/27 (一)  05:00
最後回報繳費截止(含): 2017/11/27 (一)  17:00
提供午餐:
招生人數: 6 ~ 27  人
 
講師:
高雄醫學大學 - 醫學系生化科 王焰增  助理教授
擅長分子模擬方法,並在ACS: Journal of Physical Chemistry等期刊
上發表二十幾篇分子模擬研究論文。
(1)碩士學歷為:西元2002畢業於清華大學生物技術研究所。
(2西元2002-2006年在國網中心擔任國防役。
(3)西元2007-2011 年,在職進修中山大學化學系博士與畢業。
(4)西元2011-2013 在國網中心擔任副研究員。
(5)西元2013/08-迄今在高雄醫學大學擔任助理教授。
 
報名費用:
一般人士4000 元
學生4000 元
課程介紹:
Amber是著名的分子動力學軟體,用於蛋白質、核酸、糖蛋白、藥物設計等著名生物計算模擬軟體,AMBER軟體亦可結合現今相當著名量子力學軟體GAMESS/ TERACHEM/ GAUSSIAN09/ NWCHEM/ORCA 進行量子力學/分子動力學(QMMM) 結合運算,此等方法可以更精確預測藥物分子或生物分子之間結合型態(binding modes)。
 
本訓練課程主要目的為:
 
(1) 訓練學員基礎分子動力學/量子力學理論。
(2) 訓練學員AMBER基礎使用方法。
(3) 訓練學員AMBER計算藥物分子或蛋白質分子結合自由能計算方法。
(4) 訓練學員AMBER 結合量子力學計算方法。
參加對象:
學生、教師、研發人員
課程內容安排:
(1) 分子動力學/量子力學理論介紹:
(1.1) 分子動力學力場
(1.2) 動力學積分法
(1.3) 週期性邊界條件
(1.4) 其他(SHAKE/PME等)
(1.5) 量子力學簡介
 
(2) AMBER動力學軟體使用方法: 
(2.1) NCHC 大型主機上使用AMBER方法介紹
(2.2) 核酸分子建立與模擬
(2.3) 蛋白質分子建立與模擬
(2.4) 藥物與蛋白質分子建立與模擬
(2.5) 藥物分子/蛋白質分子 結合自由能分析與模擬
(2.6) 模擬結果分析與討論
 
(3) Amber分子動力學/量子力學模擬方法 
(3.1) 藥物/蛋白質模擬
(3.2) 蛋白質/蛋白質模擬
(3.3) 模擬結果分析與討論
 
(4) Amber加速分子動力學模擬方法 
(4.1) G偶聯蛋白模擬
(4.2) 自由能分析
(4.3) 模擬結果分析與討論
課程附註: 本課程不提供紙本講義但會提供講義電子檔,請學員自備隨身碟以存放課堂提供的電子檔。
 
  

服務專線 新竹  (03)5776085-351  賴小姐

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