Amber是著名的分子動力學軟體，用於蛋白質、核酸、糖蛋白、藥物設計等著名生物計算模擬軟體，AMBER軟體亦可結合現今相當著名量子力學軟體GAMESS/ TERACHEM/ GAUSSIAN09/ NWCHEM/ORCA 進行量子力學/分子動力學(QMMM) 結合運算，具備加速分子動力學等等，此等方法可以更精確預測藥物分子或生物分子之間結合型態(binding modes)。

本訓練課程主要目的為：

(1) 訓練學員基礎分子動力學/量子力學理論。

(2) 訓練學員AMBER基礎使用方法。

(3) 訓練學員AMBER計算自由能計算方法。

(4) 訓練學員AMBER 結合量子力學計算方法。

(5) 訓練學員AMBER 加速分子動力學計算方法。

(1) 分子動力學/量子力學理論介紹：

(1.1) 分子動力學力場

(1.2) 動力學積分法

(1.3) 週期性邊界條件

(1.4) 其他(SHAKE/PME等)

(1.5) 量子力學簡介

(2) AMBER動力學軟體使用方法:

(2.1) NCHC 大型主機上使用AMBER方法介紹

(2.2) 核酸分子建立與模擬

(2.3) 蛋白質分子建立與模擬

(2.4) 藥物與蛋白質分子建立與模擬

(2.5) 藥物分子/蛋白質分子 結合自由能分析與模擬

(2.6) 模擬結果分析與討論

(3) Amber分子動力學/量子力學模擬方法

(3.1) 藥物/蛋白質模擬

(3.2) 蛋白質/蛋白質模擬

(3.3) 模擬結果分析與討論

(4) Amber加速分子動力學模擬方法

(4.1) G偶聯蛋白模擬

(4.2) 自由能分析

(4.3) 模擬結果分析與討論