| 課程編號： |
NE-2012-NB01 |
| 課程名稱： |
Amber MD 軟體訓練課程
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| 課程領域： |
生物
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| 相關領域： |
無
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| 上課方式： |
遠距教學 (主播端)
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| 上課地點： |
台南 電腦教室(一) 
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| 上課時間： |
2012/8/6 (一) ～ 2012/8/7 (二)
09:30 ～ 16:30
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| 上課總天數： |
2 天，共計 12 個小時
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| 招生日期截止(含)： |
2012/08/03 (五) 16:30
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| 最後繳費截止(含)： |
2012/08/03 (五) 17:00
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| 最後回報繳費截止(含)： |
2012/08/03 (五) 17:00
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| 提供午餐： |
是
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| 招生人數： |
6
～
30
人
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講師： |
| 高雄醫學大學 - 醫學系生化科 | 王焰增 助理教授 | 擅長分子模擬方法，並在ACS: Journal of Physical Chemistry等期刊
上發表二十幾篇分子模擬研究論文。
| (1)碩士學歷為:西元2002畢業於清華大學生物技術研究所。
(2西元2002-2006年在國網中心擔任國防役。
(3)西元2007-2011 年，在職進修中山大學化學系博士與畢業。
(4)西元2011-2013 在國網中心擔任副研究員。
(5)西元2013/08-迄今在高雄醫學大學擔任助理教授。
| | 慈濟大學 - 醫學資訊所 | 詹鎮熊 博士 |
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報名費用： |
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課程介紹： |
Amber是著名的分子動力學軟體，用於蛋白質、核酸、糖蛋白、藥物設計等著名生物計算模擬軟體，AMBER軟體亦可結合現今相當著名量子力學軟體GAMESS/ TERACHEM/ GAUSSIAN09/ NWCHEM/ORCA 進行量子力學/分子動力學(QMMM) 結合運算，此等方法可以更精確預測藥物分子或生物分子之間結合型態(binding modes)。本訓練課程主要目的為：
(1) 訓練學員基礎分子動力學/量子力學理論。
(2) 訓練學員AMBER基礎使用方法。
(3) 訓練學員AMBER計算藥物分子或蛋白質分子結合自由能計算方法。
(4) 訓練學員AMBER 結合量子力學計算方法。
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課程內容安排： |
(1) 分子動力學/量子力學理論介紹：
(1.1) 分子動力學力場
(1.2) 動力學積分法
(1.3) 週期性邊界條件
(1.4) 其他(SHAKE/PME等)
(1.5) 量子力學簡介
(2) AMBER動力學軟體使用方法:
(2.1) NCHC 大型主機上使用AMBER方法介紹
(2.2) 核酸分子建立與模擬
(2.3) 蛋白質分子建立與模擬
(2.4) 藥物與蛋白質分子建立與模擬
(2.5) 藥物分子/蛋白質分子 結合自由能分析與模擬
(2.6) 模擬結果分析與討論
(3) Amber分子動力學/量子力學模擬方法
(3.1) Amber/Gaussian
(3.2) Amber/Gamess
(3.3) 藥物/蛋白質模擬
(3.4) 蛋白質/蛋白質模擬
(3.5) 模擬結果分析與討論
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